Im Mittelalter haben die Schwalheimer bis zur Errichtung einer eigenen Kapelle in der Nähe der Wetter (Brückenkapelle) den Gottesdienst auf dem Johannisberg (Bergkirche) und in der Nauheimer Dorfkirche besucht. Auch die Gläubigen der umliegenden Gemeinden Nieder-Mörlen, Ossenheim, Dorheim, Steinfurth und Rödgen besuchten diese zentral liegenden Kirchen.
Schwalheims erstes Gotteshaus war wohl keine Dorfkirche, sondern eine schlichte Brückenkapelle 200 Meter unterhalb des Dorfes an der Dorfmühle (Brückenmühle) im Bereich des heutigen Buxtonplatzes. Die wichtige östliche Handelsstraße (Salzsiederstraße) führte hier mittels einer Furt durch die Wetter, ebenso war hier ein Hospital gegenüber dem Gewannenküppel existent (Bereich heutiger Schützenhof).
Die vorgenannte Brückenkapelle diente zunächst nicht für die Belange der Dorfbewohner, sondern für die Benutzer der Straße und für die Insassen des Hospitals, das im Zusammenhang mit der Brückenkapelle entstand. Es war üblich, an Flussübergängen von Bedeutung Einrichtungen zu erschaffen, die ermöglichten, ein Gebet zu verrichten, sich seelisch und leiblich zu stärken, über Nacht eine Bleibe zu haben und in Krankheitsfällen liebevolle Pflege genießen zu können.
Aufgrund der baulichen Erweiterung des Dorfes Schwalheim vom Zentrum (heutiger Schulberg) in Richtung Mühle/Hospital und der damit verbundenen Erhöhung der Einwohnerzahl wurde gegen 1306 die Brückenkapelle zu einer Kirche erweitert.
Mit Beginn des 15. Jahrhunderts gab es einige Veränderungen: Die Furten hatten ihre einstige Bedeutung verloren, weil die Fuhrleute versuchten, die oft sehr schwierigen Durchfahrten zu meiden. Sie bevorzugten den besseren Weg längs der ‚Gänsweide‘, entlang der heutigen Bad Nauheimer Straße . Aus dem Jahre 1504 liegt ein direkter Beweis für die Existenz einer ersten Pfarrkirche in Schwalheim vor. Das Dokument besagt, dass sie dem Heiligen Markus geweiht war (Markuspfarrkirche). Sie war eine Pfarrkirche, d. h. die Gemeinde hatte einen eigenen Pfarrer. Der Wunsch zu einer eigenen Kirche wurde wohl erst stark, als der Ausbau des Dorfes längs der Bergstraße und der Hauptstraße nach den Mühlen zu erfolgt war und die Gemeinde sich vergrößert hatte. Das erste Gotteshaus mit dem diesen umgebenden Begräbnisplatz wurde so zum Mittelpunkt des Ortes an der Stelle unserer heutigen Kirche. Sie war - wie einige ursprüngliche Fenster und der Bogen des Gewölbes bewiesen - ein Bau des 14. Jahrhunderts mit festem Mauerwerk. Im Mauerwerk befanden sich Nischen zur Aufbewahrung der Gegenstände für den Gottesdient, die zum katholischen Kult gehörten. Die Kanzel ruhte über dem ehemaligen Grabstein eines Geistlichen. Im Schiff der Kirche war – unter dem Sockel einer Säule – eine Beisetzung vorgenommen worden, vermutlich die eines Ritters. Das Dach der Kirche war mit Ziegeln bedeckt. Als Turm diente ein Dachreiter.
Diese alte noch aus katholischer Zeit stammende Kirche (Markuskirche – Vorgängerbau unserer heutigen Kirche) erfuhr im 17. Jahrhundert einige Änderungen: Ende des dreißigjährigen Krieges (1648) entstand das Langhaus, allerdings erbaut mit sehr schlechtem Baumaterial. In den Jahren1656 und 1661 wurden unterschiedlich lange Emporbühnen eingebaut. Entsprechend dem Alter der Kirche waren des Öfteren Reparaturen von Nöten. 1751 war das Kirchendach „in einem gar schlechten Zustand ..., dass der Regen in die Kirche durchtringe und die Menschen in der Kirche nass würden, sodass auch von oben am Boden der Leymen sehr herunterfalle... – eine Kirche, in die man nicht ohne Lebensgefahr gehen könne .“ Eine Hauptreparatur wurde im Jahr 1752/1753 durchgeführt. Trotzdem war sie zwei Jahrzehnte später wieder in schlechter Verfassung.