Das Orgelgehäuse wurde aus Eichenholz gefertigt. Der Prospekt ist dem Innenraum der Kirche optimal angepasst. 932 Metallpfeifen und 110 Holzpfeifen mussten auf verhältnismäßig kleinem Platz untergebracht werden. Die zweimanualige Orgel hat folgende Register:
1. Manual:
Rohrflöte 8', Gambe 8', Prinzipal 4', Sesquialter 2fach, Spitzflöte 2', Mixtur 3fach.
2. Manual:
Holzgedeckt 8', Blockflöte 4', Prinzipal 2', Quinte 1 1/3', Zimbel 3fach, Rohrschalmei 8'.
Pedal:
Subbass 16', Flötoktave 8', Hohlflöte 4'.
Die Spielstruktur ist mechanisch, die Registertraktur elektrisch. Mit Hilfe eines elektronischen Speichers können 16 verschiedene Klangkombinationen vorprogrammiert werden.
Die sechs Register des zweiten Manuals stehen in einem Schwellkasten, dessen Jalousien vom Spieltisch aus durch einen Tritt zu öffnen und zu schließen sind. Mit Hilfe dieses Schwellers können die Klangfarben feiner abgestuft werden. Das in einer Orgel bereitstehende Klanggut wird vom Organisten derart ausgewertet, dass die jeweils zu spielende Komposition klanglich optimal dargestellt wird. Man nennt dies die Kunst des Registrierens.
Ein Spruch aus dem Jahre 1660 an der Orgel der Frauenberger Kirche zu Nordhausen soll auch für die neue Orgel der Johanneskirche gelten:
Klingel wohl, ihr Pfeifen all!
Doch: Gott allein zu Ehren,
Erfüllt mit eurem Schall
Die Kirch', das Haus des Herren!
Ermuntert auch mit Fleiss
Der Leute Mund und Zungen,
Dass sie auf solche Weis'
von Grund des Herzens singen!