Im Mittelalter haben die Schwalheimer bis zur Errichtung einer eigenen Kapelle in der Nähe der Wetter (Brückenkapelle) den Gottesdienst auf dem Johannesberg bei Nauheim besucht. Diese Kapelle wurde später durch eine Kirche auf dem zentralen Platz in der Schwalheimer Hauptstraße 41 ersetzt, die dem heiligen Markus geweiht war. In ihr fand man vermutlich das Grab eines Ritters aus dem 14. oder 15. Jahrhundert. Urkundlich ist eine Pfarrkirche erst 1504 nachweisbar. Den dazugehörigen Begräbnisplatz (Totenhof) um die Kirche nutzten die Gemeindeglieder bis 1838. Dem Pfarrer diente wohl der Vorgängerbau des angrenzenden Hauses, Hauptstraße 39, als Pfarrhaus. Das heutige Gebäude war bis 1972 Rathaus der Gemeinde.
Die Reformation wurde in der Schwalheimer Kirchengemeinde, zu der seit dem 14. Jahrhundert auch Rödgen gehörte, 1550 eingeführt: Die Gemeinde war nun evangelisch-lutherisch.